沿革
| 明治元年（1868年） | 10月 | 山下門内に兵隊假病院を設置 |
| 明治4年 （1871年） |
7月 | 兵部省内に軍医寮が置かれる 麹町区（現在の最高裁判所や国立劇場を含む一帯）に軍医寮付属病院として本病院が置かれる |
| 8月 | 軍医寮が海陸軍軍医寮と改称 |
| 明治5年 （1872年） |
2月 | 海陸軍両省が置かれる 陸軍省の管轄となる |
| 11月 | 東京府の管轄となる |
| 明治6年 （1873年） |
5月 | 軍医寮が廃せられる 陸軍本病院と改称
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| 明治14年 （1881年） |
6月 | 東京陸軍病院と改称 |
| 明治19年 （1886年） |
2月 | 東京鎮台の管轄となる 東京鎮台病院と改称 |
| 明治21年 （1888年） |
5月 | 大衛戍病院（東京衛戍病院）と改称 |
| 明治37年 （1904年） |
2月 | （日露戦争勃発） 東京豫備病院成立 |
| 明治39年 （1906年） |
2月 | 東京第一衛戍病院開設
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| 昭和4年 （1929年） |
3月 | 新宿区戸山町（現在地）に移転
|
| 昭和11年 （1936年） |
11月 | 東京第一陸軍病院と改称 |
| 昭和20年 （1945年） |
12月 | 厚生省に移管 国立東京第一病院と改称 |
| 昭和22年 （1947年） |
9月 | 附属看護学校開設 |
| 昭和46年 （1971年） |
7月 | 旧中央棟竣工 |
| 10月 | 新館へ移転 |
| 昭和48年 （1973年） |
9月 | 外来手術棟（現第2外来棟）へ移転 |
| 昭和49年 （1974年） |
4月 | 国立病院医療センターと改称 臨床研究部開設 |
| 昭和61年 （1986年） |
10月 | 国際医療協力部開設 |
| 昭和63年 （1988年） |
4月 | エイズ医療情報センター開設 |
| 平成5年 （1993年） |
10月 | 国立国際医療センター発足 （国立病院医療センターと国立療養所中野病院を統合） |
| 平成9年 （1997年） |
4月 | エイズ治療・研究開発センター開設 |
| 平成15年 （2003年） |
4月 | 特定感染症指定医療機関に指定 |
| 平成16年 （2004年） |
10月 | 国際疾病センター開設 |
| 平成20年 （2008年） |
4月 | 国立精神・神経センター国府台病院と組織統合 国立国際医療センター戸山病院と改称 |
| 平成22年 （2010年） |
4月 | 独立行政法人 国立国際医療研究センターに組織改編 国立国際医療研究センター病院と改称 |
| 8月 |
中央棟完成 |
| 平成22年 （2010年） |
10月 | 3次救命救急センター開設
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| 平成24年 （2012年） |
5月 | 国際疾病センターを国際感染症センターと改称 |
| 11月 | 特定機能病院承認 |
| 平成27年 （2015年） |
4月 | 国立研究開発法人に移行 |
| 9月 | JMIP認証を取得 中央検査部がISO15189認証を取得 |
| 平成28年 （2016年） |
4月 | 日本医療機能評価機構「3rdG:Ver.1.1」認定 |
| 東京都がん診療連携拠点病院に指定 | ||
| 5月 | 人間ドックセンター開設 |
| 平成29年 （2017年） |
4月 | 地域がん診療連携拠点病院に指定 |
| 平成30年 （2018年） |
3月 | 当院初の脳死下臓器提供を実施 |
歴代病院長（昭和20年以降）
| 職名 | 氏名 | 自 | 至 |
|---|---|---|---|
| 国立東京第一病院長 | 原田 豊 | 昭和20年12月 | 昭和21年3月 |
| 国立東京第一病院長 | 坂口 康蔵 | 昭和21年3月 | 昭和31年12月 |
| 国立東京第一病院長 | 栗山 重信 | 昭和31年12月 | 昭和37年1月 |
| 国立東京第一病院長 | 市川 篤二 | 昭和37年4月 | 昭和49年4月 |
| 国立病院医療センター院長 | 市川 篤二 | 昭和49年4月 | 昭和49年12月 |
| 国立病院医療センター院長 | 小山 善之 | 昭和49年12月 | 昭和55年10月 |
| 国立病院医療センター院長 | 松葉 卓郎 | 昭和55年10月 | 昭和57年4月 |
| 国立病院医療センター院長 | 織田 敏次 | 昭和57年4月 | 平成2年4月 |
| 国立病院医療センター院長 | 高久 史麿 | 平成2年4月 | 平成5年9月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 吉岡 眞澄 | 平成5年10月 | 平成6年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 鴨下 重彦 | 平成6年4月 | 平成8年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 梅田 典嗣 | 平成8年4月 | 平成11年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 矢崎 義雄 | 平成11年4月 | 平成12年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 小堀鴎一郎 | 平成12年4月 | 平成15年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 近藤 達也 | 平成15年4月 | 平成20年3月 |
| 国立国際医療センター病院長 | 木村 壮介 | 平成20年4月 | 平成22年3月 |
| 国立国際医療研究センター病院長 | 木村 壮介 | 平成22年4月 | 平成25年9月 |
| 国立国際医療研究センター病院長 | 中村 利孝 | 平成25年10月 | 平成28年3月 |
| 国立国際医療研究センター病院長 | 大西 真 | 平成28年4月 | 平成31年3月 |
| 国立国際医療研究センター病院長 | 杉山 温人 | 平成31年4月 | 令和6年6月 |
| 国立国際医療研究センター病院長 | 宮嵜 英世 | 令和6年7月 | 現職 |